Дженни вывела его из его состава. Джосайя и его жена прожили двадцать три года в доме на западном берегу Оклендского озера Мерритт, где он умер в 1890 году в возрасте семидесяти трех лет, оставив одного сына. Дом, красиво оформленный и отреставрированный, он стоит сегодня в двух шагах от стареющей главной библиотеки города. Джозайя Стэнфорд похоронен на кладбище Маунтин-Вью в Окленде.

Особняк Стэнфорда на Ноб-Хилл сгорел до основания во время землетрясения и пожара 1906 года. Сейчас на том же месте находится современный отель Stanford Court, обслуживающий состоятельных клиентов. Рядом с ним находится старинный ресторан и бар "Большая четверка". Решение о наследстве Дженни было принято только 20 сентября 1957 года. Как и многое другое, связанное со Стэнфордами и их деньгами, ситуация была опутана конфликтами, неопределенностью и, в конце концов, тем, что можно назвать не более чем обычным легкомыслием. Сама Дженни предвидела эту ситуацию еще в 1897 году, когда написала: "Я убедилась на печальном опыте, что жадность к наживе искушает сильнее, чем способность сопротивляться". Действительно, Верховный суд Калифорнии, вынесший окончательное решение в своем мнении большинства.

В 1900 году она передала университету унаследованные ею железнодорожные ценные бумаги номинальной стоимостью почти 12,5 миллиона долларов. Когда она умерла в 1905 году, то оставила после себя почти 3,5 миллиона долларов, из которых только около 250 000 долларов предназначались для университета. Остальное Дженни завещала в основном племянникам и племянницам своей семьи, а также их наследникам. В дело вмешался Стэнфордский университет, который начал долгую борьбу за получение большей суммы.